两所学校性质上存在显著差异。云大附中的根基在于云南大学，是其附属中学，学校直接隶属于这所著名学府，因此在学术资源与教育理念上，能够享受到云南大学的深厚底蕴与丰富学术交流。云师大附中则是以云南师范大学为核心，主体由该校创建并主导，云南师范大学负责组织和开展各类学校活动与学术交流，使得学校在师范大学的学术环境中发展，聚焦于师范教育的特色。

管理与领导层方面，云大附中的校长与管理层与云南大学有一定的联系，通常会接受大学的指导与监督，确保教育方向与大学理念的一致性。而云师大附中则直接由云南师范大学管理，管理层的组建与决策过程更多地考虑了师范教育的特性和需求，确保学校在教师培养、教育创新等方面与师范大学的学术研究紧密对接。

教育资源与合作上，云大附中与云南大学共享资源，包括图书馆、实验室、学术讲座等，能够为学生提供更多元化的学习机会和更深层次的学术探索。云师大附中则更多地在师范教育领域进行资源开发与合作，与师范大学的教育学院、实践基地等紧密合作，为学生提供实习、教学实践等机会，强化师范技能的培养。

在学生培养目标上，云大附中更强调综合素质的全面提升，旨在培养具有深厚文化底蕴、创新能力和社会责任感的优秀人才。而云师大附中则更侧重于培养未来的教师，注重教育理论与实践的结合，旨在培养具有良好教育理念、扎实专业基础和较强教学能力的教师。

综上所述，云大附中与云师大附中在性质、管理、资源、合作以及学生培养目标等方面存在明显差异，分别依托于云南大学与云南师范大学，形成了各自独特的教育特色与发展方向。