建邺高级中学的历史可以追溯到上世纪50年代的南京市上新河中学和80年代的南京市南湖一中。1995年，随着南京市区划调整，上新河中学归属建邺区。1996年至2003年，上新河中学与南京市第五中学高中部合并，成为江苏省重点中学的寄宿制分校。南湖一中在1985年成立，1988年增设高中部，2000年被评为市重点。2003年，南湖一中高中部迁址，同年成立南湖高级中学，原五中上新河分校成为其分校区，被评为江苏省三星级高中。2007年，两校合并为南京市建邺高级中学，旨在适应河西建邺新城的发展，实现“科教兴区”战略和“文化大区”目标。

学校经过半个多世纪的辛勤耕耘，培养了众多优秀人才，为社会输送了大量合格劳动者，其中一些人已在中央部委、地方部门、军队、高校和文艺界等领域发挥着重要作用。在新的领导班子带领下，学校秉承“精粹精进，向善向上”的精神，以精细化管理推动“特色鲜明，质量一流”的高中建设。严谨的教风和“求真、求活、精益求精”的教学态度，使得高考成绩持续提升，2007年取得重大突破，而2008、2009、2010年连续三年荣获南京市教育质量最高奖。建邺高级中学正向着精品化教育迈进，以信心和决心书写新的辉煌篇章，在教育事业的征途上勇往直前，驶向胜利的彼岸。