在建筑施工单位的财务管理中，招标费用一般被归类为管理费用的一部分，具体是办公费用的一个子项。公司支付的工程款项通常会先被记录在“在建工程”科目下的具体项目中，例如设备、土建或是待摊支出等，直到项目达到预定可使用状态，才会将其转入固定资产科目。值得注意的是，在建工程中所涉及的增值税发票不能用于抵扣。

管理费用中的办公费涵盖了包括招标费用在内的多种费用。企业支付的招标费用作为办公费用的一部分，有助于提升企业的运营效率和项目管理水平。这表明，在会计科目设置中，招标费用被合理地归入了管理费用，这既符合财务规范，也有利于企业的财务报表更加清晰明了。

在实际操作中，企业需要确保所有的支出都有相应的凭证和记录，以便于进行准确的账务处理和税务申报。对于增值税发票不允许抵扣的情况，企业可以考虑通过优化采购流程，选择合适的供应商，以减少成本和提高效率。此外，企业还需要关注国家相关政策的变化，确保税务合规。

综上所述，建筑施工单位的招标费用应当计入管理费用—办公费，而工程款则需要根据项目的不同阶段，在相应的会计科目中进行归集。这样的会计处理方式不仅符合财务规范，还能够帮助企业更好地进行成本控制和税务管理。