比较蚌埠医学院与皖南医学院，蚌埠医学院在整体实力上胜出，校友中甚至出过4位院士。然而在地理位置上，皖南医学院位于发展迅速的芜湖，具有优势。两者在本科就业方面表现相似，都属于区域性的医学院，知名度较低，缺乏竞争力。专业方面，蚌埠医学院的临床医学专业突出，而皖南医学院则在法医与口腔医学领域有特色。在考研方面，蚌埠医学院提供免推名额，皖南医学院则没有，显示出蚌埠医学院在研究生教育上的优势。