徐汇中学南校和总校的区别如下：

地理位置：南校位于上海市徐汇区漕河泾新兴技术开发区，而总校位于上海市徐汇区天钥桥路，两个校区之间距离较远。

学科设置：南校和总校的学科设置基本相同，但南校开设了特色科目，如航空航天、机器人等。

此外还有招生范围：南校和总校的招生范围略有不同，南校招收的学生主要来自漕河泾、徐汇和长宁等区域，而总校则更加全面地吸引了来自上海各区县的优秀生源。