企业内控师主要的工作是管理企业内控文件与资料的登记,发行,保管,分发的具体实施，还有过期无效文件的回收,作废,销毁，文件修订与更改的通知，文件的编码控制管理。

其实就是管理企业的各项体系文件，文件的记录及编号管理，文件的保存、回收及作废等，使企业的文件处于受控管理的状态。

而企业内审师主要的工作是审核企业的各项体系是否符合企业要求，验证其相关体系在企业中的有效性。进行公司内审，其负责文件审查，制定审核计划，向审核组成员分配任务，确定检查表的编制及审查表，主持首次末次会议，主持审核组会议，负责对管理体系的有效性进行评价并作出审核结论，负责编制审核报告，代表审核组与受审核方领导沟通，负责纠正措施的跟踪验证工作。还会对企业相关供应商进行审核，确保供应商的有效管理。