1、起点不同

人教版SL英语是新起点英语，一年级起点小学英语，一年级至六年级学习；人教版PEP是三年级起点小学英语，三年级至六年级学习。

2、版本不同

PEP代表人教出版社，是人教版的一个分支；SL版——指的是人教最新出版的（新版的意思）。

3、难易度不同

人教版英语SL起点比人教版PEP低，难度相对也较低。

4、使用对象不同

人教版SL英语使用对象是从小学一年级知道小学六年级学生，对应年级有对应的图书；人教版PEP英语使用对象是从小学三年级知道小学六年级学生，对应年级有对应的图书，使用对象的涵盖范围没有SL广。

参考资料来源：人教出版社- 英语（PEP）三年级上册/义务教育教科书

参考资料来源：人教出版社-义务教育教科书 英语（一年级起点）二年级上册