北京棋院不认中国棋院的主要原因可能是两者在组织管理、赛事运营等方面存在分歧和差异。

首先，从组织管理的角度来看，北京棋院和中国棋院在棋类运动的推广和发展上有各自的理念和目标。这些差异可能导致两者在合作和交流方面存在困难，从而使得北京棋院不选择认可中国棋院。

其次，赛事运营方面也可能是一个重要因素。北京棋院和中国棋院在举办和承办棋类比赛时，可能有不同的规则和标准。这些差异可能引发双方在某些赛事上的争议，进而影响彼此的认可和合作。

再者，地域性差异也可能是一个不可忽视的因素。北京棋院主要致力于北京市范围内的棋类运动推广，而中国棋院则在全国范围内开展工作。这种地域性差异可能使得两者在资源分配、政策制定等方面存在分歧。

综上所述，北京棋院不认中国棋院的原因可能涉及到组织管理、赛事运营和地域性差异等多方面因素。这些因素综合作用，可能导致双方在某些方面难以达成共识，从而影响彼此的认可和合作。