旗山与金山之间的抉择，显而易见，旗山无疑是更佳之选。福建农业大学金山学院，作为一所独立学院，被归类为民办大学。相比之下，旗山学区则隶属于福建农林大学本校，其定位为公办的一本大学，福建农林大学本校是福建省重点建设高校，其在校教育资源水平居福建一流，这在高考录取分数上体现得尤为明显，一般情况下，录取分数线接近重点大学的标准。

福建农林大学金山学院，是福建农林大学与民间资本合作的产物，办学水平一般。在高考录取方面，金山学院则相对宽容，本科分数线即可录取，相较于旗山，其入学门槛明显较低。总体而言，福建农林大学本校的旗山学区在学术氛围、教育资源及入学门槛上都优于金山学院。