莱芜市交通局作为市政府管理公路和水上交通的职能部门，是正处级行政单位。

局内设有多个职能科室，包括办公室（交战办）、人事政工科、计财科、安全法规科、公路管理科以及工会。其中，行政服务大厅交通窗口自2007年起划归局机关管理。

局下还设有事业单位，其中公路管理局为正县级建制，而运输管理处和交通稽查支队则为副县级建制。此外，还包括汽车维修行业管理处、交通通信站、出租车客运管理办公室、驾驶员培训管理处、海事处、交通培训中心、莱城汽车检测中心、钢城汽车检测中心以及交通工程质检站等。

莱芜市交通局还对交运集团、永驰橡塑、物流中心等企业进行监督和指导。