开封市供销合作社联合社内部设置多种机构以确保其高效运营和发挥核心职能。办公室作为联合社的核心枢纽，负责组织和执行主任办公会，确保会议决定的事项得到有效落实，同时负责机关后勤、文秘、档案、宣传、信息、信访、机要保密、督查等日常行政工作。人事科关注党建、直属单位领导班子建设和相关工作，负责机关离退休人员的管理和服务，进行机关及直属单位的人事、劳资和机构编制管理，同时指导系统职工培训教育。

业务科作为联合社的业务管理部门，负责政府委托的农业生产资料购销、储备和市场管理工作，新农村现代流通服务网络建设，以及专业合作社、村级综合服务社、行业协会等农村合作经济组织的指导协调。此外，业务科还负责系统大型商贸活动的组织，并协调指导各县、区供销社的为农服务工作、农业生产资料、烟花爆竹、再生资源等业务工作，以及农民科技知识普及和科技兴农工作。

财务审计科则专注于财务、会计和税收、信贷法规制度的执行与指导，编制、申报本社财务经费收支预、决算，管理资金，审核和上报各类会计、统计报表，并实施社属企业的审计监督。储运安全科负责本系统安全生产、消防安全和防汛工作，指导直属企业确保设施、商品的安全。社有资产管理科则受市供销合作社理事会委托，管理本级社社有资产，拟定社有资产受益和投资决策方案，并管理社属企事业单位的基本建设项目。

城区供销社则直接落实国家、省、市委、政府有关农村经济和社会发展的方针政策，负责城区供销社的发展规划，对重要农资、农副产品经营进行组织、协调和管理，积极参与农业产业化和农村商品流通建设，促进城乡经济发展，配合各级政府做好“三夏”、防汛等工作，并承办市供销社交办的其他事项。