南通工学院具有明显优势。

2004年，南通工学院与南通师范学院和南通医学院合并，形成南通大学，成为江苏省与交通运输部共建的综合性大学，也是高水平大学建设高峰计划B类建设高校。南通大学拥有3个博士后流动站，5个一级学科博士点，23个一级学科硕士点，19个专业学位硕士点，8个学科进入ESI全球排名前1%。而相比之下，盐城工学院的发展规模与学术影响力相对较小。

南通大学的学术研究和教育资源丰富，学科设置全面，为学生提供了更广阔的学习和发展空间。在教学质量和研究水平上，南通大学能够提供更优质的教育，为学生提供更好的学术训练和研究机会。此外，南通大学与江苏省和交通运输部的共建关系，也为其在相关领域的发展提供了更多的资源和机会。

综合而言，南通工学院在教育资源、学术研究实力以及发展前景等方面均优于盐城工学院，对于追求高质量教育和未来发展机会的学子而言，南通工学院是更好的选择。