南通最好的县是通州区。

理由如下：

一、经济发展优势

通州区作为南通市的重要区域，经济发展迅速，产业优势突出。该地区拥有众多的企业和工厂，尤其在制造业、纺织业、电子信息等方面具有显著优势。这使得通州区在南通市的经济排名中一直处于领先地位。

二、地理位置优越

通州区位于南通市的中心地带，交通便利，四通八达。该地区不仅紧邻长江，还具有完善的公路、铁路和水路交通网络。这种优越的地理位置为通州区的经济和社会发展提供了有利条件。

三、文化底蕴深厚

通州区历史悠久，文化底蕴深厚。该地区保留了许多历史遗迹和文化传统，同时也注重现代文化的发展。这种文化多样性的氛围吸引了众多游客和投资者。

四、生态环境优美

通州区注重生态文明建设，拥有优美的自然环境。该地区有许多公园和绿地，空气清新，环境优美。这种良好的生态环境提高了居民的生活质量，也使得通州区成为宜居宜业的理想之地。

综上所述，南通市的通州区在经济发展、地理位置、文化底蕴和生态环境等方面都具有显著优势，因此被认为是南通最好的县。