PCR，全称为DNA聚合酶链式反应，其标准操作流程包含三个关键步骤：

首先，变性阶段（90℃-96℃）：在这个高温环境下，双链DNA模板的氢键被打破，使得DNA分子由两条链分离成两条单链。

其次，退火过程（25℃-65℃）：随着温度的下降，引物与单链DNA模板相遇并结合，形成局部的双链结构，这个过程被称为退火。

最后，延伸阶段（70℃-75℃）：在Taq酶的理想工作温度（约72℃）下，以dNTP为原料，DNA链从引物的5'端向3'端延伸，逐步合成与模板互补的新DNA链。每次循环，DNA的复制都会增加一倍。

然而，对于扩增区较短的PCR反应，由于Taq酶的非优化温度依然能实现快速复制，一些改良方法采用两步法，将退火和延伸合并到60℃-65℃的温度区间，这样可以省去一次升降温过程，显著提高反应的效率和速度。