中毒性菌痢多见于2到4岁的儿童，起病急，病出即可有畏寒，高热，全身中毒症状明显。临床以严重的毒血症症状、感染性休克和中毒性脑病为主。肠道症状往往较轻，只有在大便化验直肠拭子时，才发现粘液脓血便。

临床表现以休克型较为常见，表现为感染性休克，面色苍白，四肢厥冷，周围循环衰竭，口唇青紫，皮肤花纹，血压下降或测不到。脑型又称为呼吸衰竭型，以严重中枢神经系统症状为主，病死率高。临床表现主要为惊厥、昏迷和呼吸衰竭。早期表现为嗜睡，烦躁，剧烈头痛，频繁呕吐，呼吸增快；后期常神志不清，频繁惊厥，血压升高，瞳孔忽大忽小，两侧不等大，对光反射迟钝或消失，呼吸深浅不均匀。混合型是预后最为凶险的一种，具有循环衰竭和呼吸衰竭的综合表现。