助理执业医师证书一旦遗失，是可以进行补办的，但具体流程会因地区不同而有所差异。

通常，补办程序包括以下几个步骤：首先，申请人需要提交补办申请，并且这份申请必须加盖报考所在地卫生行政部门的公章；其次，报考单位需要出具一份遗失证明；接着，提供医师资格证的复印件、身份证复印件以及毕业证的复印件；然后，需要在近三个月内的报纸上进行公示；最后，准备两张与医师资格证同底的小二寸照片。

在准备好了所有上述材料之后，申请人需要将它们提交给报考所在地的卫生行政部门，由该部门进行逐级审核，并最终报送至省医学考试中心。省医学考试中心将在受理材料后的20个工作日内完成补办手续。

值得注意的是，整个过程中，确保所有文件的真实性和准确性是非常重要的，以避免不必要的麻烦。

此外，申请人还需要密切关注每个步骤的完成情况，确保所有程序都能按时进行，以免影响补办进度。

总之，虽然补办程序可能看起来有些繁琐，但只要按照规定步骤逐一完成，助理执业医师证书的遗失问题就能得到妥善解决。

在补办期间，申请人可能还需要注意保持联系畅通，以便及时收到相关通知和反馈。

总的来说，助理执业医师证书的遗失并不会给个人带来无法克服的困难，只要按照正确的程序进行操作，就能顺利补办。