计算方法如下：

1、土方开挖和回填成本：根据工程要求和设计深度，确定土方开挖量并按照单位体积土方成本进行计算。

2、混凝土结构部分成本：包括底板、墙体、顶板等部分。确定各个部位的尺寸和厚度，根据设计要求计算所需混凝土用量。将混凝土用量乘以单位体积混凝土价格来估算相应的成本。

3、钢筋材料费用：根据设计图纸中给出的钢筋数量以及市场上钢筋价格来估算所需钢筋材料费用。

3、防水层、保护层等特殊材料费用：项目需要在直通井中使用防水层或保护层等特殊材料，需要考虑这些额外材料的购买与施工费用。

5、其他附加设备与构件造价：如集水坑、砖砌井筒（如果有）、井盖等附件或配套设备也需要考虑其造价，将其加入到总造价中去。