在物流公司提供服务时，如果该公司属于增值税一般纳税人，其适用的增值税率为6%。当物流公司开具服务费发票时，如果客户也是一般纳税人，可以按照增值税专用发票上注明的增值税税额进行抵扣。例如，如果物流公司开具的增值税专用发票上注明的增值税税额为17%，则可以按照该金额进行抵扣。

对于交通运输业服务，根据相关规定，税率为11%。在实际操作中，接受交通运输服务的一方，除了可以取得增值税专用发票外，还可以按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算进项税额。

对于已经支付的费用，若已取得增值税专用发票并进行了进项税额的抵扣，会计处理方式为：借记“管理费用-运费”，贷记“银行存款”或“库存现金”，同时借记“增值税-进行税”，贷记“银行存款”。这表明，已支付的运费已经抵扣了相应的增值税。

若已经付款但尚未取得增值税专用发票，会计处理方式为：借记“管理费用-运费”，贷记“增值税-进行税”，同时借记“应付账款”。在实际取得增值税专用发票后，再进行相应的抵扣处理。

对于尚未付款的情况，会计处理方式为：借记“管理费用-运费”，贷记“增值税-进行税”，同时借记“应付账款”。在实际支付款项时，进行相应的会计处理，借记“应付账款”，贷记“银行存款”。这表明，运费已经计入管理费用，并且相应的增值税已经通过应付账款反映。