申请动物防疫合格证需前往市动物卫生检疫监督所。申请流程如下：

第一步：申请者需前往市农业局办证窗口、市动物卫生检疫监督所或各镇区检疫组（兽医站）领取《动物防疫合格证》申请表。

第二步：填好申请表一式三份，随附所需材料提交至市农业局办证窗口。在宠物店运营过程中，《公共场所卫生许可证》同样不可或缺，其申请流程如下：

第一步：由相关单位或个人向管辖的卫生监督机构（医院防疫科）领取《卫生许可证申请审核登记表》。

第二步：所有从业人员需进行健康检查。

第三步：发证单位对现场进行审查验收，确保符合卫生标准后，发放卫生许可证。