自然人股东在转让股权时，确实需要缴纳个人所得税。这个问题的解答通常基于股权转让产生的资本溢价，而这个税率通常为溢价部分的20%。在某些情况下，如非上市企业股权转让，审核流程可能会相对复杂，税务机关倾向于采取相对和缓的约谈方式来执行征税，期望个人能够妥善处理。这里提醒，务必区分法人股东与自然人股东，法人股东的资本溢价将计入资本公积。

计算个人所得税时，首先应明确是自然人股东还是法人股东。对于自然人股东而言，股权转让产生的资本溢价应作为应税所得，按照20%的税率缴纳个人所得税。例如，若股权转让产生的溢价为1000万元，那么需要缴纳的个人所得税为200万元。税率的高低直接决定了税负的大小，因此在进行股权转让时，需要充分考虑税收成本。

在进行股权转让时，需要详细了解相关政策，确保合规操作。在某些地方，对于股权转让征税的程序可能较为繁琐，税务机关可能会选择约谈等方式进行征收。个人需要根据税务机关的要求，提供相关资料，如股权交易的合同、评估报告等，以证明交易的合法性与合理性。同时，也需关注税务政策的变化，以免因政策调整而造成不必要的损失。

总之，自然人股东在进行股权转让时，应关注税法规定，明确税率、计算方法等关键要素，合理规划税务成本。对于法人股东而言，其资本溢价应计入资本公积，而无需缴纳个人所得税，但同样需要遵守相关法规，确保股权交易的合规性。通过细致的准备和充分的了解，可以有效降低税务风险，保障交易顺利进行。