汽车合格证丢失时的补办流程如下：

首先，联系购车的4S店或直接与制造商取得联系，这是补办的第一步。接着，准备以下关键文件：个人申请书（需详细描述丢失情况，最好附上公安局或派出所的报案证明），购车发票，购车者的身份证明，以及合格证复印件。

在填写材料时，您需要填写一份完整的合格证补发申请单，确保包含车型、车身编号、发动机号、车身颜色等必要信息，并确保在申请单上加盖购车4S店的印章。将这些关键资料整理齐全后，一并邮寄回厂家。

在补办过程中，务必注意以下事项：确保所有提供的个人申请书和购车发票等材料真实有效，这至关重要，以避免影响补办进度。对于通过贷款购买的车辆，可能还需要提供贷款合同等相关文件。补办时间可能会稍长，请保持耐心，如有急用，可以咨询4S店是否能提供临时证明或副本。

总的来说，补办汽车合格证并不需要过多复杂步骤，按照要求准备并寄送材料即可。如有任何疑问，切勿犹豫，直接联系销售点或制造商，他们会给予专业的指导和协助。