在开票软件中，进行红字发票操作时，首先需要选择“已抵扣”选项。这样做之后，对方单位需要进行进项税转出操作，即在填写申报表时，使用附表二进行进项税转出，不进行抵扣即可。

具体操作步骤如下：进入开票系统，打开红字发票填写界面，输入发票代码和号码，然后选择“已抵扣”选项。完成这些步骤后，系统将自动生成红字发票。在对方单位进行增值税申报时，需在附表二中进行进项税转出，确保不进行抵扣。

需要注意的是，红冲后的发票必须开具正常的发票，并进行认证和抵扣。这样，整个流程就完成了。

值得注意的是，红字发票的开具和处理过程中，必须严格按照国家税务总局的相关规定执行，以确保合规性和准确性。

如果对方单位未能正确操作，可能会导致进项税无法转出，影响其财务报表的真实性和准确性。因此，建议双方在操作过程中保持沟通，确保流程的顺利进行。

同时，红字发票的开具和处理也涉及到税款的计算和退还问题。因此，建议双方在操作过程中咨询专业税务顾问，确保所有操作符合税法要求。

总之，正确地开具和处理红字发票，对于维护双方的合法权益和财务健康至关重要。