企业在处理丢失发票问题时，应区分不同的情况采取相应的应对措施。若在纸质发票使用过程中不慎丢失发票，目前政策已转向支持电子发票，企业可直接通过相关平台下载电子版。

针对丢失增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联和抵扣联，处理方式如下：若同时遗失两者，企业可凭销售方盖章的相应发票记账联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。

若仅丢失发票联，企业需凭借相应发票的抵扣联复印件作为记账凭证使用。

当仅遗失抵扣联时，企业可以凭相应发票的发票联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证。