压力管道元件制造许可证在国家市场监督管理总局办理。根据查询相关公开信息显示，压力管道元件属于特种设备，其制造、安装、使用和维护都需要符合国家规定的安全技术标准和要求，而国家市场监督管理总局是负责特种设备监督管理的主管部门，负责颁发特种设备制造许可证、特种设备安全标志和特种设备安全生产许可证等证书。