在处理军人自考拿到毕业生登记表后放入自己的档案时，可以采取以下步骤：

首先，携带个人身份证、户口原件及复印件前往劳动和社会保障部门申请档案补办，并进行备案。这是确保档案完整性的第一步。

其次，需要由原单位或个人前往职工原始招工部门、市档案馆或用人单位所在地的档案馆等相关部门，查找并复印一系列重要的档案材料。这些材料包括但不限于工龄确认表、工资验封卡、劳动合同、招工录用手续、下乡知识青年插队落户名册和地点、入伍登记表、退伍军人登记表、军官转业审批报告表等。值得注意的是，所有复印件都必须加盖存档单位的公章，以确保其有效性。

如果某些档案材料无法补齐，可以由同级劳动和社会保障行政部门依据社会保障基本信息记载的资料出具证明。这一步骤有助于在材料不全的情况下，依然能够顺利办理相关手续。

最后，档案补办需遵循属地化管理原则，即由同级劳动和社会保障行政部门审核。只要材料齐全且内容属实，劳动和社会保障行政部门将出具劳动关系认定书，这将为后续档案的归档提供依据。