当增值税专用发票超过有效期时，直接将其记入账目，但无法进行进项税额认证抵扣，这将导致这部分税额无法获得减免，相当于损失了一部分税额。在处理这类问题时，企业通常有两个选择：一是将该发票的税额计入库存商品的账目中；二是要求供应商重新开具发票，这需要先通过开具红字发票来冲销原发票的税额，然后再重新开具正确的蓝字发票。需要注意的是，专用发票在开具后，隔月无法直接作废，必须通过红字发票来处理。

若选择直接入账，企业应确保账目记录准确无误，并在会计报表中适当说明情况，避免引起税务机关的疑虑。同时，建议企业及时与供应商沟通，探讨重新开具发票的可能性，以便充分利用税额减免政策。

对于希望重新开具发票的企业，首先需要向供应商说明情况，要求供应商开具红字发票，用于冲销原发票上的税额。随后，供应商需根据红字发票重新开具正确的蓝字发票。这一过程可能需要一定的时间，企业应提前做好准备，避免因时间延误而影响业务流程。此外，建议企业在重新开具发票时，详细记录所有操作步骤，以便日后查证。

在处理此类问题时，企业还应关注税务政策的变化，及时调整财务策略。例如，若未来税务政策允许延期抵扣，企业可以考虑将这部分税额暂时保留，待政策允许后再进行抵扣，以降低企业成本。

总之，面对增值税专用发票过期未抵扣的情况，企业应采取适当的措施，确保财务操作的合规性和准确性。同时，加强与供应商的沟通，争取重新开具发票的机会，以最大限度地减少经济损失。