查询海关发票是否认证最好的办法是你打电话咨询一下你所属税务局的专管员。

认证流程：

1、在通用税务数据采集软件（这个软件一般在税务局的网站下载即可）里输入所取得的海关增值税票的信息。

2、输入完毕后按系统提示申报并将信息存入到U盘（会生成两个文件，一个是扩展名为JK,一个为CRC)

3、将U盘的信息和纸质的税票交给税务局，或者按当地税务局的要求，自传到所属税务局的网上。