已付款但未拿到发票时，会计应先做预付款处理。

具体操作为，在会计账簿中，将已支付的款项暂时记录为“预付账款”。这一步骤确保了财务记录的准确性和合规性，因为款项已经实际支付，只是发票尚未收到。此时，会计分录为：借“预付账款”，贷“银行存款”。这样做既反映了资金的流出，也明确了款项的预付性质。

待发票收到后，会计需要根据发票内容对预付款项进行冲销，并结转相关费用或成本。如果该款项属于企业日常活动相关费用，如咨询费等，则会计分录为：借“管理费用”，贷“预付账款”。若该款项用于购买原材料或固定资产等资产，则会计分录会涉及“原材料”或“固定资产”科目，并同时确认增值税进项税额，分录为：借“原材料/固定资产”、“应交税费——应交增值税”，贷“预付账款”。

在处理此类情况时，会计还需注意与供应商或收款方的沟通，了解发票未收到的具体原因，并催促其尽快开具发票。同时，企业应建立完善的内部控制机制，确保在款项支付前已确认对方具备开具发票的资质和能力，以降低发票未收到的风险。此外，在发票收到后，会计应仔细核对发票内容与之前的支付记录是否一致，确保发票的真实性和准确性。

总之，已付款但未拿到发票时，会计应通过预付款项处理来确保财务记录的准确和合规，并及时与供应商或收款方沟通跟进发票开具情况。