食堂发放工资时扣除伙食费实质是员工工资支付伙食费的意思，具体的会计分录如下：

借：应付职工薪酬—工资，

贷：其他应付款—应付伙食费（先扣再付给食堂时），

或其他应收款—代垫伙食费（已经先垫付，再向职工扣除时）。