进度款支付证书的编号是会增加的。

根据《建设工程进度款支付管理办法》规定，每次支付进度款都需要开具一份进度款支付证书，并对其进行编号。每个支付证书的编号应当按照支付的顺序递增，以确保支付的准确性和可追溯性。这样可以方便监管部门进行审核和跟踪，确保进度款的合规性和安全性。