各单位是设各单位的账，A企业多付的1000：

借：银行存款 1000

贷：预收账款——A公司 1000

这笔钱需要联系一下A公司，问清楚A公司是多付了还是预付的下笔业务的款项，如果A要求您公司退回，则再做分录

借：预收账款1000

贷：银行存款 1000

如果您得付B公司账款，那B是供应商，不是客户吧？？

公司业务中收款付款的业务出现相同数字的机率很高的，每笔业务区分开。如果您账上有钱，可以将应付给B公司的账款付清，这个时候做

借：应收账款——B公司 1000

贷：银行存款 1000