在您支付给挂靠公司的费用时，应将其视作向总公司支付的管理费用。根据税法规定，总公司必须为分公司提供服务，并且需要出具管理费用归集范围、定额、分配依据和方法的证明文件。这些文件需得到主管税务机关的审批，才能在税前扣除。

会计处理方面，您应做如下分录：借：管理费用－公司管理费2000，贷：银行存款2000。

在完成上述处理后，还需要考虑未来可能面临的税务稽查问题。通过强调总公司与分公司的关系，可以在一定程度上避免被纳税调整。

希望上述信息对您有所帮助！