南京大学与金陵学院在性质上有着明显的差异。南京大学作为国家985大学，拥有卓越的学术资源和广泛的影响力。而金陵学院则属于民办的二级学院，两者在教育背景、师资力量和学术水平上存在显著区别。

金陵学院即便经过转设，其招生时的学校性质决定了其毕业文凭的档次。因此，金陵学院毕业生的文凭并不会被视作南京大学的毕业文凭。这一事实表明，无论金陵学院转设后成为什么样的学校，其毕业生的学历背景与南京大学毕业生存在本质不同。

此外，南京大学作为中国顶尖的高等学府之一，其教学质量、科研水平和就业前景都远超金陵学院。因此，南京大学毕业生的文凭在社会上享有更高的认可度。

金陵学院毕业生虽然在学术上也取得了一定的成就，但其文凭并不能与南京大学毕业生相提并论。这主要因为南京大学作为国家985大学，其学术资源和师资力量更为雄厚。

综上所述，金陵学院转设后，其毕业生的文凭不会被视为南京大学的毕业文凭。南京大学与金陵学院在教育背景和学术水平上的巨大差异，决定了两者毕业生文凭的不同地位。