销项负数发票处理方法主要有两种策略。第一种情况，对方公司已经进行抵扣操作，且收到对方税务局开具的退货证明单，此时应开具销项负数发票。操作步骤包括：参照税票与入库单，进行会计处理：借记“主营业务收入”科目，同时贷记“应交税金-应交增值税(销项)”科目及“应收账款”或“银行存款”科目。

第二种情况，若对方公司未进行抵扣操作，而将发票退回，此时可开具负数发票，并与正数发票一起妥善留存。所谓的负数发票（即红字发票），是指企业在发生销售货物退回等业务时，为冲减销售收入而开具的合法凭证。

处理销项负数发票时，需要确保各项信息的准确无误，以便正确反映财务状况。同时，根据相关税务规定进行操作，确保合法合规。正确处理销项负数发票，能够帮助企业准确反映销售收入变化，同时确保税务合规。