违约赔偿金在开具发票时，主要依据违约性质及双方合同约定进行处理。针对逾期付款的情况，赔偿金计算方式为未付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息标准。具体计算公式为：逾期付款赔偿金 = 未付购房款总额 × 逾期贷款利息计算标准。

若涉及到逾期交付使用房屋，赔偿金则以逾期期间的同地段同类房屋租金为基准来确定。计算公式为：逾期交付赔偿金 = 逾期交付使用期间 × 同地段同类房屋租金标准。

依据《合同法》第一百一十四条的规定，双方可以约定违约金。若约定的违约金低于造成的损失，可以请求法院或仲裁机构调整增加。若约定的违约金明显过高，亦可请求法院或仲裁机构进行适当调整以反映实际损失。此条款旨在保障双方权益，确保违约方承担与其违约行为相匹配的经济责任。

在开具违约赔偿金发票时，需确保发票内容清晰准确地反映出违约类型、赔偿金计算依据、计算方式及最终金额，以维护交易双方合法权益，并符合税务规定。在开具发票前，建议与法律顾问或财务顾问咨询，确保开具的发票合法、合规。