ここで待っていてください强调“在这里等”的“等”一字，也就是强调动词。

而ここで待ってください就没有这种强调的味道。

有时候“ている”的加入，意思会完全变化，比如：

そこに座って下さい。

译：你坐在那里吧

そこに座っていて下さい。

这句话可能有三种意思，即：

译：1.你就坐在那儿吧

2.你坐在那儿吧（我去去就来）

3.你坐在那里不要动