发票经过认证后，应作为记账凭证的原始票据进行入账。一旦税务部门进行检查，可以通过审查记账凭证来查找发票。若发票未被找到，将会面临罚款的严重后果。

发票作为财务记录的重要组成部分，一旦经过认证，即具有法律效力，成为企业进行会计核算和税务申报的基础。因此，其妥善保管至关重要。一旦发票遗失，不仅可能影响企业正常运营，还会导致税务检查时无法提供必要的证明材料，从而面临罚款的风险。

在面对税务部门的检查时，企业需要确保所有记录完整、准确。对于已认证的发票，企业应建立完善、规范的内部管理制度，确保发票的安全保管。一旦发现发票遗失，应及时采取补救措施，如申请发票遗失证明，以减少对财务管理和税务合规带来的影响。

在实际操作中，企业应定期进行内部审计，检查发票的保管情况，确保所有发票均得到妥善管理。此外，对于关键的财务和税务文件，建议采取数字化管理方式，利用先进的信息系统进行存储和管理，不仅可以提高管理效率，还能有效降低遗失风险。

总之，发票作为企业财务管理中的重要一环，其正确使用和妥善保管对于确保企业合规运营和避免罚款至关重要。企业应加强内部管理，建立健全的财务制度，确保发票的安全与完整，以应对可能出现的税务检查。