增值税一般纳税人资格认定管理办法》规定，增值税纳税人，若年应税销售额超过财政部、国家税务总局的小规模纳税人标准，则应向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。《增值税暂行条例实施细则》中指出，销售额超过小规模纳税人标准、未申请一般纳税人认定的纳税人，需按一般纳税人方式计算应纳税额，但不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。因此，小规模纳税人如若超过开票限额，需尽快向主管税务机关申请一般纳税人资格认定，以确保合法合规地进行税务处理。

具体操作步骤如下：首先，根据自身实际情况，确认是否已超过小规模纳税人标准，如已超过，则需准备相关材料，如营业执照、财务报表、银行流水等。其次，前往主管税务机关进行申请，填写一般纳税人资格认定申请表，并提供所需材料。税务机关将在收到申请后，对资料进行审核，确认无误后，将为纳税人办理一般纳税人资格认定手续。完成认定后，纳税人即可按照一般纳税人的方式进行税务处理，包括开具增值税专用发票、抵扣进项税额等。

若小规模纳税人未及时申请一般纳税人资格认定，可能面临无法抵扣进项税额、无法使用增值税专用发票等问题。这些限制将直接影响企业的税务成本和运营效率。因此，一旦发现超过开票限额，应立即行动，申请一般纳税人资格认定，以确保税务合规，避免潜在风险。