退货发票已经入账的处理方法如下：

1. 收回原发票并标记为无效；

2. 同时注销该发票及相应的进项税额；

3. 若已申报增值税，下期申报时调整相关税额；

4. 对于专用发票，办理退税或重新开具发票手续；

5. 依据新协议，复印已入账发票并加盖专用章，以复印件替代原件，并附说明；

6. 新发票到达后，冲销原业务记录，将新发票作为新业务入账，以便税务检查时明确业务变更。

退货的会计处理：

1、退货发票的识别：在处理退货发票时，首先要确认发票的真实性和有效性；

2、入账退货发票的冲销：将已经入账的销售收入进行冲销，以反映退货事项；

3、库存商品的调整：如果退货涉及实物商品，需要对库存商品账目进行相应调整；

4、应收账款或应付账款的变动：根据退货情况，调整应收账款或应付账款的余额；

5、税金的处理：对于已经计入成本或收入的税金，需要进行相应的调整处理。

综上所述，处理已入账的退货发票应遵循以下步骤：收回并作废原发票，注销相应进项税额，调整已申报的增值税，专用发票需办理退税或重开，复印并加盖专用章以替代原件，并在新发票到达后冲销原记录，作为新业务入账，确保税务检查时业务变更清晰。

【法律依据】：

《中华人民共和国发票管理办法实施细则》

第二十七条

开具发票后，如发生销货退回需开红字发票的，必须收回原发票并注明“作废”字样或取得对方有效证明。开具发票后，如发生销售折让的，必须在收回原发票并注明“作废”字样后重新开具销售发票或取得对方有效证明后开具红字发票。

《中华人民共和国增值税法》

第三十二条

纳税人在购进货物、接受服务时，应当向销售货物、提供服务的单位取得发票。对于已经取得的增值税专用发票和普通发票，纳税人应当保存完好，不得销毁、涂抹、更改或者挂失。