工程结算确认书原件丢失法院处理的方法是根据情况处理。工程结算确认书原件丢失法院会结合甲方代理人的意见,结合其他证据,结合实际情况进行认定，也就是根据情况处理。所以工程结算确认书原件丢失法院处理的方法是根据情况处理。