由于销售自产农产品免征增值税的。所以，对方公司只能开具免税的增值税普通发票，购买方可以按照买价和扣除率计算抵扣进项税额。

一般情况下，农产品的扣除率是9%。即，按照买价和9%扣除率计算抵扣进项税额。

比如，如果注明价款128万元，其进项税额为128×9%=11.52万元。

记账时，金额为减去计算的税额后的余额。比如免税普通发票的余额是128万元，记账时，金额变为128−11.52=116.48万元，税额为11.52万元。

企业购入免税农产品，计算抵扣的进项税额应通过“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目进行核算。

会计分录为：

借：原材料（或库存商品等科目）116.48（万元）

应交税费—应交增值税（进项税额）

11.52（万元）

贷：银行存款 128（万元）

如果购进的农产品用于生产13%税率的货物，可以加计扣除1%。比如，某企业是用来生产家具的，由于家具的税率是13%，在生产家具领用原木时，再加计扣除1%的进项税，也就是实际扣除率为10%。