一、对方以拆迁废料抵顶工程款，应由对方开具发票给贵公司，贵司直接变卖同样开销售发票计算收入并纳税，小规模是按1%（现行）征收率缴税；因是材料并不是拆迁工程，所以不能按工程税率。

二、劳务部分如果开票抬头是你公司，这部分支出当然可以所得税前扣除；

三、账务处理：

对方以料抵工程款

借：原材料-拆迁废料

贷：应收账款-XX公司工程款

贵司变卖废料

借：银行存款或库存现金

贷：其他业务收入

贷：应交税费-应交增值税（小规模）

正规操作，即使不开票也要申报缴税。