工资补差计入应付职工薪酬科目。

详细解释如下：

工资补差，主要是指因员工实际工资水平低于某一标准或约定水平而进行的差额补偿。在企业财务处理中，这部分差额补偿应当被正确记录，以体现企业的真实经济活动和财务状况。

计入应付职工薪酬科目的原因：

1. 应付职工薪酬科目主要核算企业应当支付给职工的薪酬，包括各种工资、奖金等。由于工资补差属于对员工工资的额外支付，属于薪酬的一部分。

2. 正确记录工资补差是遵循会计原则的要求，确保会计信息的真实性和准确性。通过将其计入应付职工薪酬科目，能够清晰地反映企业的劳动力成本，为内外部的决策提供准确依据。

具体处理：

在进行会计处理时，工资补差的金额应当被记录在应付职工薪酬科目的借方，同时，在企业的现金或银行存款科目进行贷方记录，表示已经或将要支付给员工的薪酬和补偿。这样的处理既反映了企业的经济负担，也体现了企业与员工之间的薪酬关系。

总之，企业在处理工资补差时，应当将其纳入应付职工薪酬科目进行会计核算，以确保财务处理的准确性和规范性。