事业单位收入种类繁多，主要包括财政补助收入、上级补助收入、事业收入、经营收入、附属单位缴款、其他收入和基本建设拨款收入等。这种分类反映了事业单位资金来源的多元化。相较于传统的经费收入，事业单位收入范围更为广泛，不仅包括与经费收入相对应的财政补助收入，还包括其他各项非财政补助收入，这体现了事业单位获取非偿还性资金的能力。

与企业的收入相比，事业单位收入的构成更为复杂。企业必须将所有者投入的资金与这些资金运动产生的资金流入进行区分，以便准确计算资金收益情况。所有者投入资金的增加直接增加所有者权益，不能作为企业收入。而在事业单位中，由于资金供应者不要求资金上的回报，因此没有必要进行这种区分。无偿供给的资金、社会捐赠的资金、事业单位通过资金运用产生的事业收入和经营收入，均被视为事业单位的收入。

事业单位收入确认的注意事项包括：只有无需偿还的资金流入才能被视为事业单位收入。如果一笔资金在流入当时不能确定是否偿还或偿还金额，则应先将其作为事业单位收入，一旦确定需要偿还或确定了偿还金额，则需转为事业单位负债。此外，取得的需要事业单位留本的资金，即不可耗用本金，只能耗用本金上的收益（如利息收益），这类资金不能作为事业单位收入，而应直接作为事业单位净资产的增加。确认事业单位收入的一般原则是收到款项时确认，对于采用权责发生制的经营收入，可在提供劳务或发出商品，同时收讫价款或取得索取价款的凭据时确认。对于长期项目的收入，则应根据年度完成进度予以合理确认。

事业单位收入的核算根据来源设置了相应的科目，如“财政补助收入”、“上级补助收入”、“拨入专款”、“事业收入”、“经营收入”、“附属单位缴款”和“其他收入”等。基本建设拨款收入的核算按现行规定不在本体系内。在报表中，事业单位收入应在收入支出表中的“收入”项下依次列示，包括财政补助收入、上级补助收入、附属单位缴款、事业收入和其他收入、经营收入和拨款收入。