2004年，教育部与香港特别行政区教育统筹局（现更名为教育局）签署了一份协议，即《内地与香港关于相互承认高等教育学位证书的备忘录》。该协议明确指出，如果内地学生已在认可的香港高等院校获得硕士学位（全日制），并在教育部留学服务中心完成学历认证后，他们可以申请内地高校的博士学位或选择在内地就业。

根据这份协议，教育部承认了香港11所具有学士、硕士和博士学位授予权的高等学府，包括香港大学、香港中文大学、香港公开大学、香港城市大学、香港科技大学、香港浸会大学、香港理工大学、香港教育学院、香港演艺学院、香港树仁大学及岭南大学。

具体而言，获得台湾本科学历的学生若希望申请内地高校的进一步学习或工作，可以参考上述协议。尽管台湾与香港的教育体系有所不同，但若能够证明其学位证书是由上述认可的香港院校颁发，且经过教育部留学服务中心认证，那么其台湾本科学历在申请内地高校时，可能会被视为等同于内地本科学历。

值得注意的是，虽然香港大学认可台湾本科学历，但具体的申请要求、流程以及对学历的认可程度，可能会因学校的具体规定和申请专业的不同而有所差异。因此，学生在申请时应仔细查阅目标学校的相关规定。

此外，尽管台湾本科学历在申请内地高校时可能得到认可，但在就业市场上，特别是在要求较高学历背景的岗位上，可能还需要额外的证明或经历来增强个人竞争力。