工业会计与商业会计在会计制度方面存在本质区别，这种差异主要体现在账务处理上。

首先，会计科目的设置与会计报表的内容格式虽基本一致，但《工业企业会计制度》与《商品流通企业会计制度》之间存在显著差异。

账务处理主要区别包括：

1. 存货核算方面，工业与商业企业的核算方法各有特色。

2. 成本费用核算方面，工业企业的成本核算方法多样，如个别计价法、品种法、分批法、分步法等，而施工企业成本核算主要采用项目法。商业企业成本核算则通常采用零售价法。

3. 成本结转方法，工业企业的成本结转涉及产品与产成品之间的成本分配，而施工企业成本结转则依据收入实现的完工百分比确认成本。

4. 收入核算与管理方面，工业与商业企业的核算流程与管理方式也存在差异。

5. 货币资金与往来款项的处理，两者的管理与记录方式有所不同。

6. 固定资产核算方法，工业与商业企业也有所区别。

举例说明，工业企业在计提工资时，借方科目包括制造费用、管理费用、营业费用等，贷方科目为应付工资；发放工资时，则借方为应付工资，贷方为现金。而商业企业在计提工资时，借方为管理费用、营业费用，贷方为应付工资；月末结转费用至本年利润的借方。

综上所述，工业会计与商业会计在会计制度、账务处理、成本核算、收入管理、资金管理、固定资产核算等方面存在显著差异，这些差异反映了各自行业特性和财务管理特点。