自考长线和短线的主要区别在于学习形式、学籍管理、考试时间和命题方式等方面。长线自考主要依赖考生自学，也可以选择助学单位辅助学习，而短线自考则通常需要在通过省考委评审的高等院校报读相关专业，学习时间和地点相对集中。

在学籍管理上，长线自考考生只需在县区自考办报名即可取得考籍，而短线自考考生需在报考院校报名后，其学籍档案会在省教委备案。这体现了短线自考与长线自考在学籍管理上的差异。

考试时间方面，长线自考由省考办在每年的一、四、七、十组织四次考试，考生可以重复报考，没有合格时间的限制（本科申请学位时有特殊要求）。而短线自考则在每学期期末进行考试，不及格的考生可以参加补考。这种差异反映了两种自考形式在考试安排上的不同。

在考试及命题方式上，长线自考由全国考委和省自考委联合出题制卷，而短线自考的科目设置分为统考课程和校考课程两类，统考课程由自考委组织命题和考试，校考课程则由学校命题和考试。这意味着短线自考在命题方式上更为复杂。

收费项目和标准方面，长线自考的报考费用全省统一，而短线自考的收费则根据主办院校的专业设置及开办情况按相关标准进行收费。由于短线自考需要占用学校教学资源，其费用通常比长线自考要高。