长线自考与短线自考在学习形式上存在显著差异。长线自考主要依靠考生个人自学，同时也可选择加入助学单位进行辅助学习，灵活性较高。而短线自考则需要在经过省考委评审并获得许可的高等院校报名就读，学习时间和地点相对集中。

在学籍管理方面，长线自考考生只需在县区自考办完成报名手续即可获得考籍。相比之下，短线自考考生在报考院校报名后，其学籍档案需在省教委进行备案，管理更为严格。

考试时间和次数也有所不同。长线自考由省考办在每年的一、四、七、十月份组织四次考试，考生可多次报考，无固定合格时间限制（部分本科学位申请有特殊要求）。短线自考则在每学期期末进行考试，未通过者可参加补考。

考试及命题方式上，长线自考由全国考委和省自考委联合负责出题和制卷。而短线自考的课程设置包括统考课程和校考课程两类。其中，统考课程由自考委组织命题和考试，而校考课程则由学校自行命题并组织考试。

在收费方面，长线自考的报考费用全省统一，收费标准较为一致。而短线自考则根据主办院校的专业设置及开办情况，按相关标准进行收费。由于短线自考需要占用学校教学资源，其费用通常会高于长线自考。