小型微利企业预缴企业所得税的方式包括按当年实际利润预缴。若上年度符合《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九十二条规定的小型微利企业条件，企业应填写《中华人民共和国企业所得税月（季）度纳税申报表（A类）》，将第4行“利润总额”与5%的乘积暂填入第7行“减免所得税额”内。

小型微利企业条件的“从业人数”需按企业全年平均从业人数计算，“资产总额”则按企业年初和年末的资产总额平均计算。企业在当年首次预缴企业所得税时，需向主管税务机关提供企业上年度符合小型微利企业条件的相关证明材料。主管税务机关核实后，若认定企业上年度不符合小型微利企业条件，则该企业当年不得按此规定填报纳税申报表。

纳税年度终了后，主管税务机关会根据企业当年的指标核实企业当年是否符合小型微利企业条件。若企业当年的指标不符合小型微利企业条件，但已按前述规定计算减免所得税额，在年度汇算清缴时，企业需要补缴按此规定计算的减免所得税额。