税务局查我公司补缴营业税 请问怎么做账务处理，要确认收入吗？

不用确认收入，直接把补的税款入账就行啦。

借：营业税金及附加

贷：应交税费—营业税

应交税费—城建税 等（附加税也要同时入账和补交）

同时

借：应交税费—营业税

应交税费—城建税 等

贷：银行存款

这样，可以核算清晰，便于日后汇总与分析。